Skip to main content

Advertisement

Table 2 Organisms used in this study and their corresponding genomic Translation stop signal ratios (Genomic-TSSR)

From: Bacterial phylogenetic tree construction based on genomic translation stop signals

S ID Organism 1 2 3 4 5 6 7 8 9
α 357244 Orientia tsutsugamushi Boryong 0.010 0.003 0.003 0.186 0.157 0.063 0.281 0.102 0.195
  293614 Rickettsia akari str. Hartford 0.009 0.004 0.005 0.200 0.164 0.061 0.277 0.088 0.192
  391896 Rickettsia bellii OSU 85-389 0.009 0.003 0.003 0.198 0.163 0.053 0.285 0.086 0.200
  336407 Rickettsia bellii RML369-C 0.009 0.003 0.002 0.198 0.164 0.053 0.286 0.086 0.199
  293613 Rickettsia canadensis str. McKi 0.010 0.003 0.003 0.205 0.163 0.057 0.280 0.090 0.189
  272944 Rickettsia conorii Malish 7 0.010 0.004 0.003 0.206 0.165 0.058 0.279 0.089 0.185
  315456 Rickettsia felis URRWXCal2 0.008 0.004 0.003 0.204 0.167 0.054 0.283 0.088 0.189
  416276 Rickettsia massiliae MTU5 0.008 0.003 0.002 0.206 0.166 0.056 0.281 0.091 0.186
  272947 Rickettsia prowazekii str. Madrid E 0.009 0.002 0.002 0.204 0.163 0.059 0.283 0.086 0.193
  452659 Rickettsia rickettsii str. Iowa 0.011 0.004 0.004 0.205 0.165 0.059 0.279 0.088 0.185
  392021 Rickettsia rickettsii str. Shei 0.010 0.004 0.004 0.204 0.167 0.058 0.279 0.089 0.186
  257363 Rickettsia typhi str. Wilmington 0.008 0.002 0.002 0.202 0.161 0.059 0.284 0.086 0.195
  80849 Wolbachia pipientis Drosophila (wBm) 0.016 0.009 0.008 0.198 0.153 0.098 0.209 0.082 0.228
  955 Wolbachia pipientis Brugia (wMel) 0.011 0.006 0.005 0.201 0.158 0.095 0.216 0.085 0.223
β 218491 Neisseria flavescens SK114 0.027 0.004 0.010 0.078 0.074 0.329 0.176 0.025 0.278
  242231 Neisseria gonorrhoeae FA1090 0.026 0.006 0.020 0.098 0.066 0.402 0.141 0.021 0.222
  374833 Neisseria meningitidis 053442 0.024 0.006 0.018 0.095 0.069 0.380 0.152 0.024 0.232
  272831 Neisseria meningitidis FAM18 0.023 0.005 0.019 0.096 0.072 0.381 0.152 0.025 0.227
  122586 Neisseria meningitidis MC58 0.024 0.006 0.018 0.097 0.073 0.372 0.157 0.026 0.227
  122587 Neisseria meningitidis Z2491 0.025 0.006 0.019 0.097 0.070 0.383 0.152 0.024 0.225
γ 316407 Escherichia coli W3110 0.020 0.003 0.012 0.091 0.064 0.274 0.205 0.040 0.291
  362663 Escherichia coli 536 0.018 0.002 0.009 0.092 0.066 0.272 0.207 0.040 0.296
  585055 Escherichia coli 55989 0.017 0.002 0.009 0.089 0.060 0.269 0.209 0.039 0.305
  405955 Escherichia coli APEC O1 0.017 0.002 0.008 0.092 0.064 0.270 0.209 0.039 0.301
  481805 Escherichia coli ATCC 8739 0.018 0.002 0.008 0.091 0.065 0.275 0.206 0.040 0.295
  413997 Escherichia coli B str. REL606 0.018 0.002 0.008 0.090 0.064 0.277 0.207 0.039 0.295
  469008 Escherichia coli BL21(DE3) 0.019 0.002 0.008 0.089 0.064 0.278 0.206 0.039 0.295
  574521 Escherichia coli BW2952 0.018 0.002 0.009 0.091 0.064 0.272 0.207 0.039 0.299
  199310 Escherichia coli CFT073 0.019 0.003 0.012 0.095 0.064 0.271 0.205 0.040 0.291
  331111 Escherichia coli E24377A 0.018 0.002 0.009 0.091 0.063 0.272 0.207 0.039 0.298
  585397 Escherichia coli ED1a 0.018 0.002 0.010 0.090 0.062 0.277 0.205 0.037 0.301
  585034 Escherichia coli IAI1 0.018 0.002 0.008 0.090 0.064 0.273 0.208 0.040 0.296
  585057 Escherichia coli IAI39 0.018 0.002 0.009 0.092 0.062 0.272 0.209 0.038 0.297
  574521 Escherichia coli O127-H6 str- E2348_69 0.018 0.002 0.008 0.088 0.064 0.279 0.205 0.039 0.295
  155864 Escherichia coli O157:H7 EDL933 0.017 0.002 0.010 0.093 0.062 0.267 0.209 0.040 0.300
  83334 Escherichia coli O157:H7 str. Sakai 0.017 0.002 0.010 0.093 0.062 0.268 0.208 0.039 0.300
  444450 Escherichia coli O157-H7 str- Ec4115 0.018 0.003 0.010 0.092 0.062 0.268 0.209 0.039 0.301
  585035 Escherichia coli S88 0.018 0.002 0.009 0.090 0.064 0.275 0.206 0.038 0.299
  409438 Escherichia coli SE11 0.018 0.002 0.009 0.091 0.063 0.273 0.207 0.039 0.298
  439855 Escherichia coli SMS-3-5 0.018 0.002 0.009 0.093 0.064 0.270 0.210 0.039 0.295
  168927 Escherichia coli str. K-12 MG1655 0.018 0.002 0.008 0.090 0.064 0.277 0.207 0.040 0.293
  585056 Escherichia coli UMN026 0.017 0.002 0.009 0.093 0.064 0.272 0.208 0.039 0.296
  364106 Escherichia coli UTI89 0.018 0.002 0.009 0.093 0.065 0.272 0.206 0.040 0.295
  585054 Escherichia fergusonii ATCC 35469 0.017 0.002 0.008 0.094 0.067 0.258 0.207 0.041 0.305
  209261 Salmonella typhi Ty2 0.018 0.003 0.010 0.091 0.068 0.273 0.217 0.045 0.275
  321314 Salmonella choleraesuis str. SC-B67 0.020 0.004 0.013 0.094 0.069 0.270 0.216 0.045 0.269
  295319 Salmonella paratyphi A str. ATCC 9150 0.018 0.003 0.009 0.091 0.069 0.272 0.219 0.046 0.272
  220341 Salmonella typhi str. CT18 0.018 0.003 0.010 0.091 0.068 0.272 0.217 0.045 0.276
  99287 Salmonella typhimurium str. LT2 0.018 0.003 0.009 0.092 0.068 0.272 0.219 0.045 0.274
  300268 Shigella boydii Sb227 0.021 0.004 0.014 0.088 0.060 0.280 0.201 0.036 0.297
  300267 Shigella dysenteriae Sd197 0.024 0.004 0.013 0.084 0.062 0.279 0.203 0.038 0.294
  198215 Shigella flexneri 2a str. 301 0.019 0.002 0.008 0.090 0.063 0.279 0.204 0.037 0.297
  300269 Shigella sonnei Ss046 0.020 0.003 0.011 0.088 0.061 0.283 0.202 0.035 0.297
  393305 Yersinia enterocolitica 8081 0.014 0.003 0.006 0.088 0.096 0.219 0.209 0.048 0.316
  349746 Yersinia pestis Angola 0.015 0.004 0.007 0.087 0.094 0.223 0.213 0.045 0.312
  360102 Yersinia pestis Antiqua JGI 0.014 0.003 0.007 0.088 0.094 0.223 0.213 0.046 0.312
  229193 Yersinia pestis biovar Medieval 91001 0.013 0.004 0.007 0.090 0.093 0.225 0.211 0.046 0.311
  214092 Yersinia pestis CO92 0.013 0.003 0.007 0.088 0.094 0.224 0.212 0.046 0.312
  187410 Yersinia pestis KIM 0.014 0.004 0.007 0.090 0.094 0.224 0.211 0.047 0.309
  349747 Yersinia pseudotuberculosis IP 31758 0.013 0.004 0.007 0.088 0.094 0.221 0.214 0.047 0.313
  273123 Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 0.013 0.003 0.007 0.088 0.094 0.221 0.214 0.047 0.314
  1. Proteobacteria strains used in this study are grouped in the order of α-, β-, and γ- subphyla(S). Their Taxon identifications (ID) and their corresponding Genomic Translation stop signals Ratios (TSSR) are listed. Columns labeled 1–9 represent the rations of TAA: TAG: TGA of the 1st, 2nd, and 3 reading-frames, respectively, of the Genomic Translation Stop Signal Ratios (TSSR) of that species. A more detailed table is posted on our website (http://umdrive.memphis.edu/tywong/public/Table_1jb).