Bacterial phylogenetic tree construction based on genomic translation stop signals

Xu, Lijing; Kuo, Jimmy; Liu, Jong-Kang; Wong, Tit-Yee

doi:10.1186/2042-5783-2-6

Microbial Informatics and Experimentation

Table 2 Organisms used in this study and their corresponding genomic Translation stop signal ratios (Genomic-TSSR)

From: Bacterial phylogenetic tree construction based on genomic translation stop signals

S	ID	Organism	1	2	3	4	5	6	7	8	9
α	357244	Orientia tsutsugamushi Boryong	0.010	0.003	0.003	0.186	0.157	0.063	0.281	0.102	0.195
	293614	Rickettsia akari str. Hartford	0.009	0.004	0.005	0.200	0.164	0.061	0.277	0.088	0.192
	391896	Rickettsia bellii OSU 85-389	0.009	0.003	0.003	0.198	0.163	0.053	0.285	0.086	0.200
	336407	Rickettsia bellii RML369-C	0.009	0.003	0.002	0.198	0.164	0.053	0.286	0.086	0.199
	293613	Rickettsia canadensis str. McKi	0.010	0.003	0.003	0.205	0.163	0.057	0.280	0.090	0.189
	272944	Rickettsia conorii Malish 7	0.010	0.004	0.003	0.206	0.165	0.058	0.279	0.089	0.185
	315456	Rickettsia felis URRWXCal2	0.008	0.004	0.003	0.204	0.167	0.054	0.283	0.088	0.189
	416276	Rickettsia massiliae MTU5	0.008	0.003	0.002	0.206	0.166	0.056	0.281	0.091	0.186
	272947	Rickettsia prowazekii str. Madrid E	0.009	0.002	0.002	0.204	0.163	0.059	0.283	0.086	0.193
	452659	Rickettsia rickettsii str. Iowa	0.011	0.004	0.004	0.205	0.165	0.059	0.279	0.088	0.185
	392021	Rickettsia rickettsii str. Shei	0.010	0.004	0.004	0.204	0.167	0.058	0.279	0.089	0.186
	257363	Rickettsia typhi str. Wilmington	0.008	0.002	0.002	0.202	0.161	0.059	0.284	0.086	0.195
	80849	Wolbachia pipientis Drosophila (wBm)	0.016	0.009	0.008	0.198	0.153	0.098	0.209	0.082	0.228
	955	Wolbachia pipientis Brugia (wMel)	0.011	0.006	0.005	0.201	0.158	0.095	0.216	0.085	0.223
_β	218491	Neisseria flavescens SK114	0.027	0.004	0.010	0.078	0.074	0.329	0.176	0.025	0.278
	242231	Neisseria gonorrhoeae FA1090	0.026	0.006	0.020	0.098	0.066	0.402	0.141	0.021	0.222
	374833	Neisseria meningitidis 053442	0.024	0.006	0.018	0.095	0.069	0.380	0.152	0.024	0.232
	272831	Neisseria meningitidis FAM18	0.023	0.005	0.019	0.096	0.072	0.381	0.152	0.025	0.227
	122586	Neisseria meningitidis MC58	0.024	0.006	0.018	0.097	0.073	0.372	0.157	0.026	0.227
	122587	Neisseria meningitidis Z2491	0.025	0.006	0.019	0.097	0.070	0.383	0.152	0.024	0.225
γ	316407	Escherichia coli W3110	0.020	0.003	0.012	0.091	0.064	0.274	0.205	0.040	0.291
	362663	Escherichia coli 536	0.018	0.002	0.009	0.092	0.066	0.272	0.207	0.040	0.296
	585055	Escherichia coli 55989	0.017	0.002	0.009	0.089	0.060	0.269	0.209	0.039	0.305
	405955	Escherichia coli APEC O1	0.017	0.002	0.008	0.092	0.064	0.270	0.209	0.039	0.301
	481805	Escherichia coli ATCC 8739	0.018	0.002	0.008	0.091	0.065	0.275	0.206	0.040	0.295
	413997	Escherichia coli B str. REL606	0.018	0.002	0.008	0.090	0.064	0.277	0.207	0.039	0.295
	469008	Escherichia coli BL21(DE3)	0.019	0.002	0.008	0.089	0.064	0.278	0.206	0.039	0.295
	574521	Escherichia coli BW2952	0.018	0.002	0.009	0.091	0.064	0.272	0.207	0.039	0.299
	199310	Escherichia coli CFT073	0.019	0.003	0.012	0.095	0.064	0.271	0.205	0.040	0.291
	331111	Escherichia coli E24377A	0.018	0.002	0.009	0.091	0.063	0.272	0.207	0.039	0.298
	585397	Escherichia coli ED1a	0.018	0.002	0.010	0.090	0.062	0.277	0.205	0.037	0.301
	585034	Escherichia coli IAI1	0.018	0.002	0.008	0.090	0.064	0.273	0.208	0.040	0.296
	585057	Escherichia coli IAI39	0.018	0.002	0.009	0.092	0.062	0.272	0.209	0.038	0.297
	574521	Escherichia coli O127-H6 str- E2348_69	0.018	0.002	0.008	0.088	0.064	0.279	0.205	0.039	0.295
	155864	Escherichia coli O157:H7 EDL933	0.017	0.002	0.010	0.093	0.062	0.267	0.209	0.040	0.300
	83334	Escherichia coli O157:H7 str. Sakai	0.017	0.002	0.010	0.093	0.062	0.268	0.208	0.039	0.300
	444450	Escherichia coli O157-H7 str- Ec4115	0.018	0.003	0.010	0.092	0.062	0.268	0.209	0.039	0.301
	585035	Escherichia coli S88	0.018	0.002	0.009	0.090	0.064	0.275	0.206	0.038	0.299
	409438	Escherichia coli SE11	0.018	0.002	0.009	0.091	0.063	0.273	0.207	0.039	0.298
	439855	Escherichia coli SMS-3-5	0.018	0.002	0.009	0.093	0.064	0.270	0.210	0.039	0.295
	168927	Escherichia coli str. K-12 MG1655	0.018	0.002	0.008	0.090	0.064	0.277	0.207	0.040	0.293
	585056	Escherichia coli UMN026	0.017	0.002	0.009	0.093	0.064	0.272	0.208	0.039	0.296
	364106	Escherichia coli UTI89	0.018	0.002	0.009	0.093	0.065	0.272	0.206	0.040	0.295
	585054	Escherichia fergusonii ATCC 35469	0.017	0.002	0.008	0.094	0.067	0.258	0.207	0.041	0.305
	209261	Salmonella typhi Ty2	0.018	0.003	0.010	0.091	0.068	0.273	0.217	0.045	0.275
	321314	Salmonella choleraesuis str. SC-B67	0.020	0.004	0.013	0.094	0.069	0.270	0.216	0.045	0.269
	295319	Salmonella paratyphi A str. ATCC 9150	0.018	0.003	0.009	0.091	0.069	0.272	0.219	0.046	0.272
	220341	Salmonella typhi str. CT18	0.018	0.003	0.010	0.091	0.068	0.272	0.217	0.045	0.276
	99287	Salmonella typhimurium str. LT2	0.018	0.003	0.009	0.092	0.068	0.272	0.219	0.045	0.274
	300268	Shigella boydii Sb227	0.021	0.004	0.014	0.088	0.060	0.280	0.201	0.036	0.297
	300267	Shigella dysenteriae Sd197	0.024	0.004	0.013	0.084	0.062	0.279	0.203	0.038	0.294
	198215	Shigella flexneri 2a str. 301	0.019	0.002	0.008	0.090	0.063	0.279	0.204	0.037	0.297
	300269	Shigella sonnei Ss046	0.020	0.003	0.011	0.088	0.061	0.283	0.202	0.035	0.297
	393305	Yersinia enterocolitica 8081	0.014	0.003	0.006	0.088	0.096	0.219	0.209	0.048	0.316
	349746	Yersinia pestis Angola	0.015	0.004	0.007	0.087	0.094	0.223	0.213	0.045	0.312
	360102	Yersinia pestis Antiqua JGI	0.014	0.003	0.007	0.088	0.094	0.223	0.213	0.046	0.312
	229193	Yersinia pestis biovar Medieval 91001	0.013	0.004	0.007	0.090	0.093	0.225	0.211	0.046	0.311
	214092	Yersinia pestis CO92	0.013	0.003	0.007	0.088	0.094	0.224	0.212	0.046	0.312
	187410	Yersinia pestis KIM	0.014	0.004	0.007	0.090	0.094	0.224	0.211	0.047	0.309
	349747	Yersinia pseudotuberculosis IP 31758	0.013	0.004	0.007	0.088	0.094	0.221	0.214	0.047	0.313
	273123	Yersinia pseudotuberculosis IP 32953	0.013	0.003	0.007	0.088	0.094	0.221	0.214	0.047	0.314

Proteobacteria strains used in this study are grouped in the order of α-, β-, and γ- subphyla(S). Their Taxon identifications (ID) and their corresponding Genomic Translation stop signals Ratios (TSSR) are listed. Columns labeled 1–9 represent the rations of TAA: TAG: TGA of the 1^st, 2^nd, and 3 reading-frames, respectively, of the Genomic Translation Stop Signal Ratios (TSSR) of that species. A more detailed table is posted on our website (http://umdrive.memphis.edu/tywong/public/Table_1jb).

Back to article page