The zinc-ribbon domain of Helicobacter pylori HP0958: requirement for RpoN accumulation and possible roles of homologs in other bacteria

Table 1 Taxonomic distribution of DUF164 proteins and RpoN in the domain Bacteria

Taxonomic group	^aNumber of genomes with both DUF164 protein and RpoN	^aNumber of genomes with DUF164 protein only	^aNumber of genomes with RpoN only	^aNumber of genomes with neither DUF164 protein nor RpoN
Acidobacteria	2 (2)	0 (0)	1 (1)	0 (0)
Actinobacteria	1 (2)	73 (143)	0 (0)	16 (37)
Aquificae	6 (8)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Bacteroidetes	24 (80)	0 (2)	0 (0)	2 (4)
Chlamydiae	15 (22)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Chlorobi	11 (12)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Chloroflexi	1 (2)	3 (3)	3 (5)	6 (6)
Cyanobacteria	0 (0)	0 (0)	0 (0)	38 (51)
Deferribacteres	0 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Dictyoglomi	0 (0)	2 (2)	0 (0)	0 (0)
Elusimicrobia	0 (0)	1 (1)	0 (0)	1 (1)
Fibrobacteres	0 (0)	0 (0)	1 (2)	0 (0)
Firmicutes	17 (23)	0 (1)	76 (240)	100 (243)
Clostridia	17 (23)	0 (1)	25 (71)	11 (55)
Clostridium	12 (16)	0 (1)	10 (39)	3 (12)
Fusobacteria	0 (0)	0 (0)	0 (12)	4 (8)
Gemmatimonadetes	1 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Lentisphaerae	2 (2)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Nitrospirae	1 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Planctomycetes	3 (7)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Alphaproteobacteria	0 (0)	0 (0)	79 (122)	42 (75)
Betaproteobacteria	0 (0)	0 (0)	69 (141)	3 (4)
Deltaproteobacteria	32 (41)	0 (1)	1 (1)	0 (0)
Epsilonproteobacteria	22 (43)	4 (5)	0 (2)	0 (1)
Gammaproteobacteria	0 (0)	0 (0)	199 (368)	44 (71)
Magnetococci	0 (0)	0 (0)	1 (1)	0 (0)
Zetaproteobacteria	0 (0)	0 (0)	0 (1)	0 (0)
Spirochaetes	10 (27)	2 (3)	6 (6)	0 (0)
Synergistetes	0 (0)	0 (0)	1 (3)	0 (1)
Tenericutes	0 (0)	0 (0)	0 (0)	25 (40)
Thermi	0 (0)	5 (8)	0 (0)	0 (0)
Thermotogae	0 (0)	0 (0)	3 (3)	8 (9)
TM7	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (1)
Verrucomicrobia	3 (6)	0 (0)	0 (1)	0 (0)
WWE1	1 (1)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
Total	150 (281)	90 (169)	440 (909)	289 (552)

^aNumbers outside parentheses indicate results from analysis of finished genome sequence, while numbers within parentheses indicate results for both finished and unfinished genome sequences.